2009年，按照主辅分离、辅业改制的原则，天健集团茂华、劳务等公司资产剥离，实行改制。根据市政府文件，天健集团运输公司股权于2017年转让至深圳巴士集团。
2008年7月，天健集团成立专业子公司——深圳市隧道工程有限公司，统筹集团范围内的地铁业务，实行专业管理和专项经营。
2004年10月，天健置业公司成立，从事房地产交易、租售代理等业务，后专注于产业运营和商业运营，围绕“定位策划+招商导入+智慧运营+产业投资”四大模式，致力成为全国一流城市美好生活综合服务商。
2004年4月，天健集团成立投资公司，以投资撬动建筑施工、房地产发展。
2004年10月，天健集团国有股权划转，深圳市建设投资控股公司不再持有股权，深圳市国资委成为天健集团第一大股东，履行出资人职责。同年，天健集团列入深圳市国资委直管企业。
2004年3月，天健集团与深圳市市政工程总公司分设机构，独立运作。
2001年，天健地产公司下设长沙房地产公司。此后，陆续在南宁、广州、上海、惠州、苏州、东莞、成都等地成立房地产公司，在当地开发房地产业务。
1997年4月，经市政府批准，深圳市天健实业股份有限公司更名为深圳市天健（集团）股份有限公司。
1996年4月，深圳市市政工程公司更名为深圳市市政工程总公司。
1995年5月，深圳市天健实业股份有限公司在水电安装队的基础上成立独立法人公司——深圳市天健市政安装工程有限公司。2018年，增资扩股，引进深圳市坪山区城市建设投资有限公司，组建深圳市天健坪山建设工程有限公司。
1995年3月，深圳市天健实业股份有限公司下设香港分公司，先后承接香港大屿山新机场地铁东涌段工程、香港新机场候机楼西北侧、将军澳调景岭地铁站上水泛海项目、西铁线元朗601、马湾学校、沙田水务工程等工程项目。
1993年6月，经市政府批准，深圳市市政工程公司进行股份制改造，改组成立深圳市天健股份有限公司。【1993年12月注册登记深圳市天健实业股份有限公司，并继续保留了深圳市市政工程公司等6家全资子公司独立的法人地位及公司名称，深圳市建设集团（后更名为深圳市建设投资控股公司）为第一股东。】
1991年11月组建深圳市景田物业管理公司，1994年9月组建天健工业区管理服务公司，1995年3月深圳市香怡物业管理公司，2001年重组为深圳市天健物业管理公司，2020年更名为深圳市天健城市服务公司。
1988年6月，经市政府批准，成立深圳市香蜜工程开发公司，从事房地产开发业务。1995年3月更名为“深圳市天健房地产开发公司”，2018年更名为深圳市天健地产集团有限公司。
1983年9月，中国人民解放军基建工程兵302团整体转业深圳，成立深圳市市政工程公司，1996年4月更名为深圳市市政工程总公司。
